दरअसल डाॅ. कफील खान पर अलीगढ़ मुस्लिम युनिवर्सिटी में एंटी सीएए और एनआरसी विरोध सभा में भड़काऊ भाषण देने का आरोप है। डाॅ. कफील खान ने अपने खिलाफ अलीगढ़ की सीजेएम कोर्ट में चल रहे आपराधिक मुकदमे और पुलिस चार्जशीट को विधि विरुद्घ बताते हुए इलाहाबाद हाईकोर्ट में याचिका दाखिल कर उसे रद्द करने की मांग की है। उनकी याचिका पर सुनवाई करते हुए न्यायमूर्ति जे जे मुनीर ने इस मामले में राज्य सरकार को जानकारी देने का आदेश दिया है।
कहा गया है कि अलीगढ़ के सिविल लाइंस थाने में दर्ज एफआईआर के तहत पुलिस ने बीते साल 16 मार्च 2020 को चार्जशीट दाखिल की और सीजेएम कोर्ट ने 28 जुलाई को संज्ञान भी ले लिया। दावा किया है कि याची सरकारी सेवक है और उसके खिलाफ केस दर्ज या चार्जशीट दाखिल करने से पहले सरकार की अनुमति ली जानी चाहिये थी, पर उनके मामले में ऐसा नहीं किया गया। अपने खिलाफ कार्यवाही को नियम के खिलाफ बताते हुए कोर्ट से इसे रद्द करने की अपील की है।