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इसके बाद हाल ही में संपन्न हुए ऑस्ट्रेलिया दौरे में एडिलेड में खेले गए पहले दिन-रात्रि टेस्ट में उसे आठ विकेट से पराजय मिली थी। हालांकि इसके बाद कोहली अपने पहले बच्चे के जन्म के स्वदेश लौट गए थे और उनकी अनुपस्थिति में अजिंक्य रहाणे ने टीम की कमान संभाली थी। रहाणे ने ऑस्ट्रेलिया दौरे में तीन टेस्ट मुकाबलों में कप्तानी की थी जिसमें भारत ने मेलबर्न टेस्ट जीता जबकि सिडनी टेस्ट ड्रॉ रहा। इसके बाद ब्रिस्बेन में खेले गए अंतिम और चौथे मुकाबले में भारत को जीत मिली और उसने ऑस्ट्रेलिया को 2-1 से हराया था।
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इंग्लैंड के खिलाफ चार टेस्ट मैचों की सीरीज के लिए कोहली की टीम में वापसी हुई और भारत को उनकी कप्तानी में एक बार फिर हार का सामना करना पड़ा। कोहली की कप्तानी में न्यूजीलैंड दौरे में भारत का पहला मुकाबला वेलिंगटन में था, जहां उसे 10 विकेट से हार का सामना करना पड़ा था। इसके बाद क्राइस्टचर्च टेस्ट में भारत को सात विकेट से हार मिली और उसने सीरीज 0-2 से गंवाई। हालांकि इसके बाद कोरोना महामारी के कारण 2020 का अधिकतर सत्र बाधित रहा।
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2020 के अंत में भारतीय टीम ऑस्ट्रेलियाई दौरे पर गई और गुलाबी गेंद से खेले गए पहले टेस्ट मुकाबले में उसे हार का सामना करना पड़ा था। कोहली की कप्तानी में एडिलेड टेस्ट में टीम इंडिया की दूसरी पारी महज 36 रन पर ढेर हुई जो उसके टेस्ट इतिहास का न्यूनतम स्कोर है। कोहली की कप्तानी में भारतीय टीम इससे पहले लगातार सात टेस्ट मैच जीत चुकी है, जो किसी भारतीय कप्तान के लिहाज से एक रिकार्ड है।