माता वैष्णो देवी के लिए पुराने समय में सिर्फ प्राकृतिक गुफा वाले का इस्तेमाल किया जाता था लेकिन भीड़ बढ़ने की वजह से एक कृत्रिम रास्ते का निर्माण भी करवाया गया जिससे भीड़ कम करने में मदद मिले। माता की इस पवित्र गुफा की लंबाई 98 फीट है। ऐसा कहा जाता है कि इस गुफा के अंदर आज भी भैरो का शरीर मौजूद है और जो कोई भी यहां पर आता है उसके पाप नष्ट हो जाते हैं और उसे जीवन मरण के बंधन से मुक्ति मिल जाती है।
इस गुफा में आने वाले भक्तों को एक अलग सा एहसास होता है मानो यहां पर स्वयं भगवान मौजूद हों और अपने भक्तों को यहां पर आते जाते देख रहे हों। यहां पर एक और गुफा है जिसे गर्भजून के नाम से जाना जाता है। सालों से ऐसा माना जाता है कि माता यहां 9 महीने ठीक उसी प्रकार रही थीं जिस प्रकार एक बच्चा अपनी मां के पेट में रहता है तो ऐसे में जो भी भक्त यहां पर आते हैं उन्हें उन्हें फिर गर्भ में नहीं जाना पड़ता है।
