कई महत्वपूर्ण पदों पर दे चुके है सेवा
कमान नियुक्तियों के दौरान राजेश धनखड़ आईएनएस दिल्ली पर कार्यकारी अधिकारी व आईएनएस घड़ियाल, मुंबई तथा विक्रमादित्य पर कमांडिंग ऑफिसर के रूप में भी काम कर चुके हैं। धनखड़ आईएनएस विक्रांत के एक्सेप्टन्स ट्रायल्स की देखरेख के लिए कैरियर एक्सेप्टन्स ट्रायल्स टीम के मुखिया भी रहे हैं। कार्मिक व परिचालन नियुक्तियों के दौरान वे नौसेना योजना निदेशालय में संयुक्त निदेशक और निदेशक, कार्मिक निदेशालय में प्रधान निदेशक-सीएमडीई (कार्मिक) के पद पर भी रहे।
जुलाई 1990 में नौसेना में हुए थे शामिल
नौसंचालन तथा प्रशासनिक निर्देशन के विशेषज्ञ फ्लैग ऑफिसर राजेश धनखड़ एक जुलाई 1990 को भारतीय नौसेना में शामिल हुए थे। नौसेना की प्रतिष्ठित अकादमी डिफेंस सर्विसेज स्टॉफ कॉलेज के पूर्व छात्र रहे धनखड़ ने हायर कमांड कोर्स जापान में पूरा किया है। यमन के अदन और ऑल-होदेइदाह से भारतीय नागरिकों के नॉन कॉम्बैटेंट इवैक्यूएशन ऑपरेशंस (एनईओ) के लिए उन्हें 2015 में नौसेना पदक (वीरता) से सम्मानित किया जा चुका है।