दोनों ओर कस्टम इमीग्रेशन होने के बाद अगला निर्णय बॉर्डर के गेट खोलकर थार एक्सप्रेस के पाकिस्तान में प्रवेश हुआ। इसके लिए पाकिस्तान की ओर से नियमानुसार मुनाबाव रेलवे स्टेशन को सूचना दी ई। इसके बाद पाक रेंजर्स पाकिस्तान और बीएसएफ ने मुनाबाव के गेट खोले और रेल का आवागमन हुआ।
भारत में थार एक्सपे्रस की सुरक्षा को लेकर कड़े प्रबंध किए गए हैं। रेलवे पुलिस, सुरक्षा एजेंसियां और बीएसएफ सक्रिय है। चप्पे चप्पे पर नजर रखी जा रही है। कस्टम इमीग्रेशन जांच में पुख्ता तरीके से एक एक तलाशी ली गई कि कहीं कुछ भी अवांछित न हो।
पाकिस्तान में फौरी तौर पर ही जांच होने की जानकारी मिली है। पाकिस्तान के रेल मंत्री ने पहले ही कह दिया था कि वे केवल पानी का प्रबंध कर के देंगे। पाकिस्तान के रेलवे स्टेशन पर भारतीय यात्रियों की सुरक्षा की गारंटी नहीं ले सकते।