साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर से लोकसभा चुनाव के दौरान कई विवादित बयान दिए। उन्होंने शहीद हेमंत करकरे, नाथूराम गोडसे और राम मंदिर समेत कई मुद्दों पर विवादित बयान दिया था। हेमंत करकरे के बयान के बाद पार्टी ने साध्वी के बयान से किनारा कर लिया था और फिर उनसे जवाब मांगा था। वहीं, नाथूराम गोडसे को राष्ट्रभक्त बताने पर पीएम मोदी ने कहा था कि मैं साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर को दिल से कभी माफ नहीं कर पाऊंगा। पीएम मोदी साध्वी प्रज्ञा से इस तरह नाराज थे कि उन्होंने दिल्ली के सेट्रल हाल में जब सभी नवनिर्वाचित सांसदों से मुलाकात की थी तो साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर से बात करना तो दूर उन्हें नजर अंदाज भी कर दिया था। पीएम मोदी के द्वारा साध्वी प्रज्ञा को नजर अंदाज किए जाने का वीडियो सोशल मीडिया में भी वायरल हुआ था।
हाल ही में सांसद साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर ने पीएम मोदी के स्वच्छता अभियान पर भी सवाल उठाया था। साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर ने कहा था कि मैं नाली साफ करवाने और शौचालय बनवाने के लिए सांसद नहीं बनी हूं। साध्वी के इस बयान के बाद भाजपा के कार्यकारी अध्यक्ष जेपी नड्डा ने उन्हें तलब किया था।
जानकारों के अनुसार, पीएम मोदी की नाराजगी को दरकिनार कर साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर का समर्थन इसलिए कर रहा है क्योकिं संघ भगवा आंतकवाद के मुद्दे पर देश में नई बहस चाहता है। साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर ने भगवा आंतकवाद के मुद्दे को लोकसभा चुनाव के दौरान भी भुनाया था जिस कारण से भाजपा दिग्विजय सिंह को हराने में सफल रही थी। इंद्रेश कुमार संघ के बड़े नेता हैं और मुस्लिम जागरण मंच के माध्यम से संघ और मुस्लिमों के बीच समन्वय स्थापित करते हैं। पीएम मोदी शुद्ध रूप से राजनीतिक समीकरणों पर ध्यान रखकर सियासत कर रहे हैं वहीं, संघ भगवा आतंकवाद के मुद्दे पर देश में एक नई बहस चाहता है। संघ आने वाले समय में भगवा आंतकवाद को एक बड़ा मुद्दा बनाना चाहता है इसी कारण से पीएम मोदी की नाराजगी को भी दरकिनार कर साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर का समर्थन कर रहा है।
संघ के कहने पर मिला था टिकट
भोपाल से जब भाजपा ने साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर को उम्मीदवार बनाया था तो कहा जा रहा था कि ये टिकट संघ के कहने पर दिया गया है। लोकसभा चुनाव के दौरान भोपाल में यह भी कहा जा रहा था कि भोपाल में भाजपा या साध्वी नहीं बल्कि संघ चुनाव लड़ रहा है। माना जा रहा है कि इंद्रेश कुमार के कहने पर ही साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर को उम्मीदवार बनाया गया था।
साध्वी प्रज्ञा सिंह का नाम मालेगांव बम ब्लास्ट धमाके से जुड़ा हुआ है। मालेगांव धमाके के बाद ऐसा कहा जाता है कि कांग्रेस नेता दिग्विजय सिंह भगवा आतंकवाद की बात की थी। साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर ने लोकसभा चुनाव के दौरान भी इसी बात पर जोर दिया था कि यह चुनाव यह साबित करने वाला है कि इस देश में भगवा आतंकवाद नहीं होता है।
नरेन्द्र मोदी प्रधानमंत्री बनने के बाद सबका साथ-सबका विकास की बात पर जोर दे रहे हैं। वहीं, साध्वी के बयान का समर्थन कर संघ हिन्दुत्व के मुद्दे को भी पीछे नहीं छोड़ना चाहता है संघ हिन्दुत्व को अपने एजेंड से बाहर नहीं करना चाहता है इसलिए साध्वी प्रज्ञा सिंह के बयान का समर्थन मोदी की नाराजगी के बाद भी किया जा रहा है।