ऑपरेशन अलर्ट को लेकर इन दिनों खुफिया एजेंसियां भी सक्रिय हैं। केन्द्रीय खुफिया एजेंसी के आधिकारिक सूत्रों ने बताया कि सीमा पार कोई खास हलचल नहीं है। अलबत्ता पाकिस्तान की सीमा चौकियों पर रेंजर्स की गतिविधियां लगातार दिख रही है। पिछले दिनों पाक रेंजर्स के अपने इलाके में गोली चलाने पर बीएसएफ ने इस मुद्दे पर पाक रेंजर्स के साथ फ्लैग मीटिंग की थी, जिसमें उन्होंने खरगोश के शिकार के लिए गोली चलाना बताया था। पाक रेंजर्स के स्पष्टीकरण के बावजूद बीएसएफ के अधिकारी इसे सामान्य घटना नहीं मान रहे।
आतंककारी संगठन जैश-ए-मुहम्मद का मुख्यालय पाकिस्तान के बहावलपुर में है जो श्रीगंगानगर और बीकानेर सेक्टर के सामने है। जैश का संस्थापक मसूद अजहर भी बहावलपुर का है। खुफिया एजेंसियांे का कहना है कि बहावलपुर के आसपास पाकिस्तानी खुफिया एजेंसी आईएसआई वहां कई आतंकी ट्रेनिंग कैम्प चला रही है, जिससे वहां आतंकियों का जमावड़ा रहता है।