2002 में भारत के सत्तारूढ़ राष्ट्रीय जनतान्त्रिक गठबंधन (एनडीए) निवर्तमान राष्ट्रपति कोचेरिल रमन नारायणन के उत्तराधिकारी के रूप में कलाम को नामित किया। जनता के बीच कलाम का कद और लोकप्रियता ऐसी थी कि उन्हें एक हिंदू राष्ट्रवादी पार्टी (भाजपा) द्वारा नामांकित किया गया था और यहां तक कि मुख्य विपक्षी दल, भारतीय राष्ट्रीय कांग्रेस ने भी उनकी उम्मीदवारी का समर्थन किया था। कलाम ने आसानी से चुनाव जीत लिया और जुलाई 2002 में भारत के 11वें राष्ट्रपति के रूप में शपथ ली। राष्ट्रपति बनने के बाद भी, वह भारत को एक विकसित देश में बदलने के लिए विज्ञान और प्रौद्योगिकी का उपयोग करने के लिए प्रतिबद्ध रहे।
एक स्वाभिमानी और धार्मिक मुसलमान होने के नाते, रमज़ान के दौरान दैनिक नमाज़ और उपवास कलाम के जीवन का अभिन्न अंग थे। उनके पिता, जो उनके गृहनगर रामेश्वरम में एक मस्जिद के इमाम थे, ने अपने बच्चों में इन इस्लामी रीति-रिवाजों को सख्ती से स्थापित किया था। उनके पिता ने भी युवा कलाम को अंतर-धार्मिक सम्मान और संवाद के मूल्य से अवगत कराया था। जैसा कि कलाम को याद था: “हर शाम, मेरे पिता ए.पी. जैनुलाब्दीन, एक इमाम, रामनाथस्वामी हिंदू मंदिर के मुख्य पुजारी पक्षी लक्ष्मण शास्त्री, और एक चर्च पुजारी के साथ गर्म चाय पीने के लिए साथ बैठते थे और द्वीप से संबंधित मुद्दों पर चर्चा करते थे।
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इस तरह के शुरुआती प्रदर्शन ने कलाम को आश्वस्त किया कि भारत के कई मुद्दों का उत्तर देश के धार्मिक, सामाजिक और राजनीतिक नेताओं के बीच “बातचीत और सहयोग” में निहित है। इसके अलावा, चूंकि कलाम का मानना था कि “अन्य धर्मों के लिए सम्मान” कुंजी में से एक था। इस्लाम की आधारशिला के बारे में उन्हें यह कहने का शौक था: “महान लोगों के लिए, धर्म दोस्त बनाने का एक तरीका है; छोटे लोग धर्म को लड़ाई का हथियार बना देते हैं।”कलाम ने सांप्रदायिक सद्भाव और अन्य धर्मों के साथ जीवंत संबंधों का एक सुंदर उदाहरण स्थापित किया। उन्होंने हमेशा राष्ट्र को पहले स्थान पर रखा और अपने जीवन के अंतिम दिन तक सक्रिय रहे। उन्हें 27 जुलाई 2015 को भारतीय प्रबंधन संस्थान शिलांग में एक व्याख्यान देने के लिए निर्धारित किया गया था। अपने व्याख्यान के केवल पांच मिनट बाद, वह गिर गए और उन्हें बेथनी अस्पताल ले जाया गया जहां अचानक हृदय गति रुकने से उनकी मृत्यु की पुष्टि की गई।