सदा ही आपसी सौहार्द की मिसाल पेश करने वाले इकबाल अंसारी ने अयोध्या में कहा है कि सुप्रीम कोर्ट के आदेशानुसार सुन्नी सेंट्रल वक्फ बोर्ड को मिली धन्नीपुर की 5 एकड़ जमीन में बनने वाली मस्जिद, स्कूल, अस्पताल या किसी भी संस्था के नाम में बाबर को नहीं जोड़ा जाना चाहिए। बल्कि भारत के मुस्लिम महापुरुषों के नाम से इनका नामकरण होना चाहिए। जिन महापुरुषों ने देश के लिए कुर्बानी दी है, संस्थाएं उनके नाम से जानी जाएं। अंसारी ने एपीजे अब्दुल कलाम, अब्दुल कलाम आजाद, अशफाक उल्ला खां, वीर अब्दुल हमीद का नाम लेते हुए कहा कि संस्थाओं का नाम इनके नाम से हों क्योंकि ये हिंदुस्तान के गौरव हैं। बाबर के नाम से मस्जिद या किसी संस्था का नाम नहीं जुड़ा हो क्योंकि बाबर से हमारा कुछ संबंध ही नहीं।