जोधपुर से एयर इंडिया की दो नियमित फ्लाइट दिल्ली व मुंबई के लिए संचालित होती है। हज यात्रा में जहाज लगाने से मुंबई-जोधपुर-मुंबई फ्लाइट जुलाई के प्रथम सप्ताह से सोमवार, बुधवार, शुक्रवार और रविवार को ही संचालित होती है, जबकि दिल्ली-जोधपुर-दिल्ली फ्लाइट को 30 जुलाई, 3,6,10 व 13 अगस्त को नहीं चलाने का निर्णय किया गया है। एयर इंडिया के अलावा जोधपुर एयरपोर्ट से वर्तमान में अन्य किसी एयरलाइंस कम्पनी को फ्लाइंग ऑपरेशन नहीं है। लॉ कॉस्ट एयरलाइन कम्पनी इंडिगो 5 सितम्बर से जोधपुर से दिल्ली व अहमदाबाद के मध्य फ्लाइट शुरू करने जा रही है। निजी क्षेत्र की एयरलाइंस कम्पनी स्पाइस जेट भी दिल्ली-जोधपुर के बीच 27 अक्टूबर से हवाई सेवा शुरू कर रही है। इसके बाद जोधपुर के यात्रियों को कुछ राहत मिल सकेगी।