संजय दीक्षित ने पश्चिम बंगाल को इस पर विवादित ट्वीट किया था। इस पर बड़ी संख्या में लोगों ने रिट्वीट किया। हालांकि बाद में उन्होंने इसे अपने अकाउंट से इसे हटा दिया था। इसके बाद वे कोलकाता पुलिस के रडार पर हैं। संजय ट्वीटर पर काफी सक्रिय हैं। उनके 47 हजार से अधिक फॉलोवर हैं।
आइएएस दीक्षित पहले भी कई बार विवादों में रह चुके हैं। उन्हें एक राजनीतिक दल विशेष का समर्थक और सोशल साइट ट्विटर पर इस्लाम विरोधी ट्वीट्स के लिए जाना जाता है। साल 2016 में दीक्षित और ख्यातनाम विज्ञान इतिहासकार सैयद इरफान हबीब के बीच सोशल साइट ट्विटर पर जुबानी जंग चर्चा में रही थी। तकरार की शुरुआत सैयद इरफान हबीब के उस ट्वीट से हुई, जिसमें उन्होंने लिखा था, इसका कोई अर्थ नहीं बनता, मुसलमान ज्यादातर मुसलमानों को ही मार रहे हैं, सिर्फ काफिरों को नहीं। इसके जवाब में संजय दीक्षित ने लिखा, हबीब साहब! इससे ऐसा लग रहा है कि आपको पछतावा है कि वे सिर्फ काफिरों को नहीं मार रहे हैं। साफ झलक रहा है कि आपकी जुबान फिसल गई है। इसके जवाब में हबीब ने लिखा था, आपने बिल्कुल सही पकड़ा है। मैं चाहता हूं कि वे काफिरों को मार दें। मेरे ऊपर ऐसा शर्मनाक आरोप लगाते शर्म नहीं आई? और आप एक आईएएस हैं। इसके बाद इरफान ने ट्वीट डिलीट कर दिया। उस वाकये पर संजय दीक्षित ने प्रतिक्रिया देते हुए लिखा था कि मैंने तो सिर्फ आपकी जुबान फिसलने का इशारा किया था।