अल्का याग्निक ने वर्ष 1989 में एक बिजनेसमैन नीरज कपूर से शादी की थी। मीडिया रिपोर्ट के अनुसार, अल्का और नीरज की पहली मुलाकात वर्ष 1986 में हुई थी। इसके बाद दोनों के बीच नजदीकियां बढ़ी और दोनों ने 2 साल तक डेट किया। इसके बाद दोनो ने शादी करने का फैसला लिया।
अल्का और नीरज दोनों अलग—अलग क्षेत्र से थे। शादी से पहले उनके परिवार वालों ने समझाया था कि यह शादी ज्यादा दिन तक टिक नहीं पाएगी। लेकिन दोनों न एक ना सुनी और शादी कर ली। दोनों को अपने कॅरियर की वजह से अलग—अलग रहना पड़ता है। अल्का मुंबई में रहती हैं और पति नीरज शिलॉन्ग में रहते हैं। शादी के बाद उसी वर्ष बेटी सायशा का जन्म हुआ।