लोकसभा चुनाव के लिए भाजपा से उम्मीदवार बनने के बाद साध्वी ने सबसे पहले शहीद हेमंत करकरे को लेकर विवादित बयान दिया था। भोपाल में पत्रकारों से बात करते हुए साध्वी ने कहा था हेमंत करकरे ने मुझे मालेगांव ब्लास्ट केस में फंसाया था। इस दौरान मैंने उन्हें बताया था कि तुम्हारा सर्वनाश हो जाएगा, वो अपने कर्मों की वजह से मरे हैं। साध्वी ने यह भी कहा था कि हेमंत ने मेरे साथ काफी गलत व्यवहार किया था। साथ ही साध्वी का यह भी आरोप था कि मुझे वह तरह-तरह की यातनाएं देते थे। इस केस में वे मुझे गलत तरीके से फंसाए थे। साध्वी ने कहा था कि- मैंने करकरे को बोला था कि तेरा सर्वनाश होगा। ठीक सवा महीने में सूतक लगता है। जिस दिन मैं गई थी उस दिन इसके सूतक लग गया था। और ठीक सवा महीने में जिस दिन आतंकवादियों ने इसको मारा, उस दिन उसका अंत हुआ।
सिख दंगों को बताया था हत्याकांड (20 अप्रैल 2019)
साध्वी प्रज्ञा ठाकुर ने मध्यप्रदेश के सीएम कमलनाथ पर हमला बोला था। राजधानी भोपाल में मीडिया को संबोधित करते हुए उन्होंने कहा था- 1984 के दंगे नहीं थे वो हत्याकांड था और उस हत्याकांड के दोषी यहां मुख्यमंत्री बने बैठे हैं। ये साध्वी का पहला बयान था जिस पर भाजपा ने कोई टिप्पणी नहीं की थी।
बुर्के को लेकर दिया विवादित बयान ( 1 मई, 2019 )
लोकसभा चुनाव के दौरान बुर्का (मस्लिम महिलाओं का पहनावा) को लेकर मुद्दे उठे थे। शिवसेना प्रमुख उद्धव ठाकरे के बयान का साध्वी प्रज्ञा ठाकुर ने समर्थन किया था। साध्वी प्रज्ञा ठाकुर ने कहा था कि राष्ट्रीय सुरक्षा के हिसाब से फैसला लिया जाना चाहिए। साध्वी ने कहा था कि ये वो भी जानते हैं कि ऐसी किसी घटना से उनका पंथ बदनाम होता है, इसलिए वो स्वयं फैसला लें तो बेहतर होगा। इस बयान के बाद भी पार्टी ने उनसे किनारा कर लिया था।
लोकसभा चुनाव के दौरान बुर्का (मस्लिम महिलाओं का पहनावा) को लेकर मुद्दे उठे थे। शिवसेना प्रमुख उद्धव ठाकरे के बयान का साध्वी प्रज्ञा ठाकुर ने समर्थन किया था। साध्वी प्रज्ञा ठाकुर ने कहा था कि राष्ट्रीय सुरक्षा के हिसाब से फैसला लिया जाना चाहिए। साध्वी ने कहा था कि ये वो भी जानते हैं कि ऐसी किसी घटना से उनका पंथ बदनाम होता है, इसलिए वो स्वयं फैसला लें तो बेहतर होगा। इस बयान के बाद भी पार्टी ने उनसे किनारा कर लिया था।
साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर ने लोकसभा चुनाव के दौरान 16 मई, 2019 को महात्या गांधी के हत्यारे नाथूराम गोड़से को देशबक्त बताया था। आगर-मालवा में अभिनेता से नेता बने कमल हासन के बयान पर प्रक्रिया देते हुए साध्वी प्रज्ञा ने कहा था- नाथूराम गोडसे देश्भक्त थे, देशभक्त हैं और देशभक्त रहेंगे। नाथूराम गोडसे को आंतकवादी कहने वाले लोग अपने गिरेबान में झांके। ऐसे लोगों को इन चुनावों में जबाव दिया जाएगा। साध्वी के इस बयान पर भाजपा के साथ-साथ पीएम मोदी ने भी नाराजगी जाहिर करते हुए कहा था कि मैं कभी साध्वी को माफ नहीं कर पाऊंगा।
पीएम के स्वच्छता सवाल पर उठाया था सवाल (21 जुलाई, 2019)
साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर ने पीएम मोदी के स्वच्छता अभियान को लेकर विवादित बयान दिया था। 21 जुलाई, 2019 को सीहोर जिले में कार्यकर्ताओं को संबोधित करते हुए साध्वी प्रज्ञा ने कहा था- हम नाली और शौचालय साफ करवाने के लिए सांसद नहीं बने हैं। जो जिस काम के लिए सांसद बने हैं उसको पूरी ईमानदारी के साथ करेंगे। साध्वी के इस बायन के बाद दिल्ली में पार्टी के कार्रकारी अध्यक्ष जेपी नड्डा ने तलब किया था और इस तरह के बयान से बचने की हिदायत दी थी।
साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकुर लोकसभा चुनाव के दौरान 17 अप्रैल को भाजपा में शामिल हुईं थी। उन्होंने पूर्व सीएम शिवराज सिंह चौहान की मौजूदगी में भाजपा की सदस्यता ली थी।
