चार बार सांसद रहे शफीकुर्रहमान यूपी सरकार में मंत्री भी रहे हैं। वह दो बार मुरादाबाद और दो बार संभल से सांसद चुने गए हैं। 2009 में वह बहुजन समाज पार्टी से संभल लोकसभा सीट से सांसद रहे थे। उस दौरान 2013 में उन्होंने कहा था कि मैं वंदेमातरम का बहिष्कार को संसद से अनुपस्थित रहूंगा। इसके साथ ही उन्होंने उस वक्त कहा था कि 1997 में संसद के 50 साल पूरे होने पर आयोजित हुए स्वर्ण जयंती कार्यक्रम में भी मैंने वंदेमातरम का बहिष्कार किया था।
इस पर उन्होंने तर्क दिया था कि वंदेमातरम का मतलब भारत माता की पूजा या वंदना करना होता है और इस्लाम में पूजा करना जायज नहीं है। इस दौरान उनकी खूब आलोचना भी हुई थी। 2016 में शफीकुर्रहमान जब सपा में थे तब उन्होंने संभल में आचार्य प्रमोद कृष्णम के कल्किधाम में मंदिर निर्माण के शिलान्यास का भी विरोध किया था। इस शिलान्यास में सपा सरकार के मंत्री शिवपाल यादव आ रहे थे। जिसे विवाद बढ़ने पर रोक दिया गया था।