अयोध्या धाम रेलवे स्टेशन में यूं तो तमाम खूबियां हैं मगर यहां कुछ सुविधाएं ऐसी हैं जो रेलवे स्टेशन तो क्या आमतौर पर एयरपोर्ट्स पर भी देखने को नहीं मिलतीं। इस फेहरिस्त में सबसे आगे है इनफेंट केयर रूम जहां पर पैसेंजर्स के दुधमुंहे बच्चों को भी मेडिकल अटेंशन मिल सकेगा। इसी प्रकार, किसी पैसेंजर को यात्रा के दौरान अगर चोट लग जाती है या फिर किसी प्रकार की अस्वस्थता की स्थिति का सामना करना पड़ता है तो इसके लिए भी स्टेशन पर सिक रूम में फर्स्ट एड व मेडिकल अटेंशन की सुविधा होगी।
पैसेंजर फैसिलिटीज डेस्क और टूरिस्ट इनफॉर्मेशन सेंटर के माध्यम से यहां आने वाले पैसेंजर्स को श्रीराम मंदिर समेत क्षेत्र के सभी आध्यात्मिक और पर्यटन स्थलों की जानकारी मिल सकेगी। ये सभी सुविधाएं ग्राउंड फ्लोर पर अवस्थित हैं तथा पूरा कॉम्प्लेक्स जी प्लस टू मॉडल (ग्राउंड प्लस मिडिल व फर्स्ट फ्लोर) पर बना है। इसके अतिरिक्त, क्लोक रूम, फूड प्लाजा, वेटिंग हॉल्स, स्टेयरकेस, एस्केलेटर्स, लिफ्ट व टॉयलेट्स समेत वो तमाम सुविधाएं भी उपलब्ध रहेंगी जो आमतौर पर सभी नव विकसित स्टेशनों पर होती हैं। सभी फ्लोर्स फायर एग्जिट से भी कनेक्टेड हैं जिससे किसी अप्रिय स्थिति में लोगों की सुरक्षित निकासी का मार्ग प्रशस्त होगा।
अयोध्या धाम स्टेशन के मिडिल फ्लोर पर रिटायरिंग रूम्स, लेडीज डॉर्मेटरी, एसी रिटायरिंग रूम्स, जेंट्स डॉर्मेटरी, स्टेयरकेस, रिलीविंग स्टाफ के लिए लॉजिंग रूम, स्टेशन मास्टर व महिला कर्मचारियों का कक्ष बनाया गया है। वहीं, फर्स्ट फ्लोर पर देश के सबसे बड़े कॉनकोर्स सेटअप को स्थापित किया जा रहा है। यह प्रक्रिया 3 फेज में पूरी होनी है और पहले फेज का कार्य पूर्ण हो चुका है। तीनों फेज का विकास पूर्ण होने पर यह कॉनकोर्स 7200 स्क्वेयर मीटर में फैला होगा। इसके अतिरिक्त, फर्स्ट फ्लोर पर फूड प्लाजा, वेटिंग हाल, टॉयलेट, पेयजल, एस्केलेटर्स, लिफ्ट, कर्मचारी कक्ष, दुकानें, वेटिंग रूम समेत प्रवेश पैदल पुल की सुविधाएं उपलब्ध होंगीं। इसके साथ ही, दिव्यांगों के लिए विशिष्ट प्रकार के शौचालयों का भी निर्माण किया गया है।