झूठे आरोप में फंसाया गया सीबीआई के आरोप पत्र में कहा गया है, ”सीबीआई की जांच के दौरान सामने आए तथ्यों और परिस्थितियों से पता चला है कि यह प्रारंभिक चरण से ही कानून/अधिकार के दुरुपयोग का एक स्पष्ट मामला है क्योंकि पीड़िता मरियम रशीदा को अवैध रूप से हिरासत में लिया गया था और झूठे समय से अधिक समय तक रहने के मामले में फंसाया गया था। शुरुआती गलतियों को बरकरार रखने के लिए, पीड़ितों के खिलाफ झूठी पूछताछ रिपोर्ट के साथ गंभीर प्रकृति का एक और मामला शुरू किया गया।”
अधिकारियों ने पद का किया दुरुपयोग आरोप पत्र में आगे उल्लेख किया गया है, “तथ्य और परिस्थितियां मालदीव की दो महिलाओं मरियम रशीदा और के खिलाफ विदेशी अधिनियम और आधिकारिक गोपनीयता अधिनियम के तहत झूठे मामले दर्ज करने में आरोपी एस विजयन, सिबी मैथ्यूज, केके जोशुआ, आरबी श्रीकुमार और पीएस जयप्रकाश की भूमिका थी।” फौजिया हसन, दो इसरो वैज्ञानिक डी शशिकुमारन और नांबी नारायणन और दो अन्य व्यक्ति के चंद्रशेखर और एसके शर्मा (दोनों मृतक)। उक्त आरोपी व्यक्तियों ने झूठे दस्तावेज़ बनाने की साजिश में सक्रिय भूमिका निभाई, जिससे अवैध गिरफ़्तारियाँ, यातनाएँ आदि हुईं।”
मरियम रशीदा के साथ विजयन ने बनाए संबंध आरोप पत्र के अनुसार, सीआई विजयन होटल के उस कमरे में आए जहां मरियम रशीदा रह रही थीं और उनके साथ यौन संबंध बनाए। हालाँकि, उसने विजयन की यौन इच्छाओं को ठुकरा दिया और वह तुरंत कमरे से बाहर चला गया। इससे वह भड़क गया और उसने पाया कि रशीदा इसरो में लिक्विड प्रोपल्शन सिस्टम सेंटर (एलपीएससी) में कार्यरत वैज्ञानिक डी शशिकुमारन के संपर्क में थी।
नंबी नारायणन को किया गया था गिरफ्तार अक्टूबर 1994 में, केरल पुलिस ने पाकिस्तान को बेचने के लिए इसरो रॉकेट इंजन के गुप्त चित्र प्राप्त करने के आरोप में तिरुवनंतपुरम में मालदीव के नागरिक रशीदा की गिरफ्तारी के बाद दो मामले दर्ज किए। इसरो के क्रायोजेनिक प्रोजेक्ट के तत्कालीन निदेशक नंबी नारायणन को इसरो के उप निदेशक डी. शशिकुमारन और रशीदा की मालदीव की दोस्त फ़ौसिया हसन के साथ गिरफ्तार किया गया था।