शुरुआती जीवन और शिक्षा बिहार के चित्रगुप्तवंशी कायस्थ परिवार में 1961 में जन्मे अमित खरे ने अपना बचपन साधारण रूप से व्यतीत किया। उन्होंने अपनी स्कूलिंग केंद्रीय विद्यालय से और हॉनर्स बैचलर की डिग्री दिल्ली के सेंट स्टीफन्स कॉलेज से पूरी की। अमित खरे बिहार से साल 1985 के बैच के आईएएस अफसर है।
बिहार में अब तक का सबसे बड़ा चारा घोटाला उजागर करने में अहम भूमिका बिहार का चारा घोटाला स्वतन्त्र भारत के बिहार का अब तक का सबसे बड़ा भ्रष्टाचार घोटाला था जिसमें पशुओं को खिलाये जाने वाले चारे के नाम पर 950 करोड़ रुपये सरकारी खजाने से फर्जीवाड़ा करके निकाल लिये गये थे। सरकारी खजाने की इस चोरी में बिहार के तत्कालीन मुख्यमन्त्री लालू प्रसाद यादव, पूर्व मुख्यमन्त्री जगन्नाथ मिश्र और अन्य कई लोगों पर भी आरोप लगा था। हालांकि यह घोटाला 1996 में हुआ था लेकिन जैसे-जैसे जाँच हुई, लालू यादव और जगन्नाथ मिश्र जैसे कई नेता इसमें शामिल नजर आये। इस घोटाले के कारण लालू यादव को मुख्यमन्त्री के पद से इस्तीफा देना पड़ा और जेल की सज़ा भी भुगतनी पड़ी थी। इस चारा घोटाले को उजागर करने में आईएएस अमित खरे ने अहम भूमिका निभाई थी।