जाकिर के खिलाफ भारत में मनी लॉन्ड्रिंग का मामला चल रहा है। इसके अलावा ढाका अटैक के संबंध में भी उसके खिलाफ केस दर्ज किया गया है। उसने मलयेशिया में बीते तीन सालों से शरण ले रखी। भारत ने उसके प्रत्यर्पण की औपचारिक अपील की है लेकिन मलयेशिया ने यह अपील ठुकरा दी है।
पीएम नरेंद्र मोदी ने सितंबर में रूस में 5वें पूर्वी आर्थिक मंच की बैठक से इतर मलयेशिया के पीएम मोहम्मद महातिर से खास मुलाकात की हैै। इस दौरान नाइक के प्रत्यर्पण पर चर्चा की थी। विदेश मंत्रालय के सचिव ने विजय गोखले के अनुसार पीएम मोदी ने जाकिर नाइक के प्रत्यर्पण के मुद्दे को उठाया। दोनों पक्षों ने फैसला किया कि अधिकारी इस मुद्दे पर आगे संपर्क में रहेंगे और यह हमारे लिए महत्वपूर्ण मुद्दा है।
मलयेशिया भले ही जाकिर का प्रत्यर्पण में रोड़ा बना हुआ है, मगर वह खुद वहां की सरकार के मुसीबत बन गया है। उसने वहां रह रहे हिंदुओं और चीनीयों को लेकर आपत्तिजनक बयान दिया था, जिसके बाद उसके उपदेश देने पर रोक लगा दी गई थी।