जनार्दन युवक कांग्रेस के अध्यक्ष के साथ लगभग 20 साल तक प्रदेश कांग्रेस कमेटी के महामंत्री एवं उपाध्यक्ष रहे तथा करौली से तीन बार 1980, 1990 व 1998 एवं जयपुर से एक बार पूर्व उपराष्ट्रपति भैरोंसिंह शेखावत को हराकर राजस्थान विधानसभा के लिए चुने गए। इसके साथ ही वे अंतरराष्ट्रीय एवं एशियाई कबड्डी महासंघ के अध्यक्ष, भारतीय ओलंपिक संघ के उपाध्यक्ष के साथ-साथ राजस्थान ओलंपिक संघ के अध्यक्ष रहे।
जनार्दन सिंह गहलोत और मुख्यमंत्री अशोक गहलोत के बीच अदावत जगजाहिर थी। गहलोत से अदावत के चलते ही जनार्दन गहलोत कांग्रेस छोड़कर 2008 में भाजपा में चले गए थे, लेकिन 2019 में हुए लोकसभा चुनाव से पूर्व फिर से कांग्रेस में शामिल हो गए। जयपुर के रामलीला मैदान में आयोजित कार्यक्रम में राहुल गांधी द्वारा गहलोत काे कांग्रेस में शामिल किया गया था।
कांग्रेस में फिर से शामिल होते समय गहलोत ने कहा था कि मेरी मूल विचारधारा जन्म से कांग्रेस पार्टी इंदिरा के साथ रही और उनके साथ नजदीकी से काम करने का मौका मिला। परिस्थितियां एसी बनी कि 2008 में कुछ राजनीतिक कारणों के चलते मैंने भावुकता में आकर जल्दबाजी से निर्णय लेते हुए भाजपा में शामिल हो गया, परंतु वहां मैंने घुटन महसूस की। जनार्दन सिंह गहलोत कांग्रेस नेता संजय गांधी के भी बेहद करीबी माने जाते थे।
