प्रधानमंत्री रिसर्च फेलोशिप योजना के मूल दिशानिर्देशों के अनुसार, आईआईएसई, आईआईटी, एनआईटी, आईआईएसईआर और आईआईईएसटी से बीटेक स्नातक (पांच वर्ष के कोर्स उत्तीर्ण कर चुके छात्र) या बीटेक अंतिम वर्ष के छात्र, एमटेक इंटिग्रेटेड या इंटिग्रेटेड एमएससी विज्ञान एवं प्रौद्योगिकी संकाय के पात्र छात्र ही आवेदन कर सकते थे।
लेकिन संशोधित दिशानिर्देशों के मुताबिक, अब भारत में मान्यता प्राप्त अन्य संस्थानों या विश्वविद्यालयों के पात्र छात्र भी इस फेलोशिप के लिए आवेदन कर सकेंगे, इनमें बीटेक स्नातक पांच वर्ष के कोर्स पास या बीटेक अंतिम वर्ष के छात्र, पंचवर्षीय एमटेक इंटिग्रेटेड या विज्ञान एवं प्रौद्योगिकी संकाय से पंचवर्षीय इंटिग्रेटेड एमएससी या दो वर्षीय एमएससी के पात्र छात्र शामिल है। फेलोशिप के लिए अप्लाई करने वाले अभ्यर्थियों को कम से कम 8 सीजीपीए या गेट परीक्षा के विषय में 750 अंक लाना जरूरी होगा।
संशोधित मानदंडों के अनुसार, अब प्रत्येक विषय के लिये शीर्ष संस्थान के रूप में ‘हिस्सा लेने वाले संस्थान की जगह ‘एक मेजबान संस्थान जोड़ा गया है। इसमें कहा गया है कि सभी आईआईटी, आईआईएसईआर और आईआईएससी मेजबान संस्थान होंगे जहां प्रधानमंत्री रिसर्च फेलोशिप प्राप्त करने वाले शोध या अध्ययन करेंगे।
प्रधानमंत्री रिसर्च फेलोशिप योजना के तहत पात्रता मानदंड पूरा करने वाले छात्रों को पहले 2 वर्षों के लिए 70,000 रूपये प्रति माह, तीसरे वर्ष के लिए 75,000 रूपये प्रति माह तथा चौथे और 5वें वर्ष में 80,000 रूपये प्रति माह की फेलोशिप प्रदान की जाएगी।