इसके बाद उन्होंने ‘दिल है कि मानता नहीं’, ‘सड़क’ और ‘जख्म’ जैसी फिल्मों में काम किया था. इन सभी फिल्मों को काफी पसंद किया गया था. हालांकि, पूजा का करियर ज्यादा लंबा नहीं चला, लेकिन फिर भी उनकी कुछ फिल्में आज भी देखी जाती हैं. एक समय ऐसा भी था जब पूजा और पिता महेश भट्ट का नाम विवादों में आया और उसके पीछे की वजह थी एक मैगजीन के कवर पर छपी उनके ‘लिपलॉक’ करते हुए फोटो. इस फोटो के सामने आने के बाद महेश भट्ट ने एक विवादित बयान भी दिया था, जिसकी काफी आलोचना भी हुई थी.
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उन्होंने अपने बेटी पूजा को लेकर कहा था कि ‘पूजा अगर मेरी बेटी नहीं होती तो मैं उससे शादी कर लेता’. इतना ही नहीं महेश भट्ट को इसके लिए जान से मारने की धमकियां भी मिलने लगी थीं. इसके बाद पूजा ने फिल्मी में एक्टिंग को अलविदा कह कर डायरेक्शन में अपना हाथ आजामाया. साल 2003 में पूजा ने फिल्म ‘पाप’ का डायरेक्शन किया, जिसके दौरान उनकी नजदीकियां मनीष मखीजा (Manish Makhija) से बढ़ने लगीं और कुछ दिनों बाद दोनों ने शादी कर ली, लेकिन दोनों की शादी ज्यादा चल नहीं सकी.
दोनों का तलाक हो गया. तलाक के बाद पूजा भट्ट ने फिल्म ‘जिस्म’ प्रड्यूस की. इसके दौरान उनकी जिंदगी में एक्टर रणवीर शौरी (Ranvir Shorey) ने कदम रखें. खास बात तो ये है कि इन दोनों की रिश्ता भी कुछ खास नही चल सका. दोनों लिव-इन में रहा करते थे और दोनों के बीच शराब के नशे में मारपीट हुआ करती थी. बताया जाता है कि एक बार रणवीर शौरी ने शराब के नशे में पूजा की इतनी पिटाई की थी कि उनके खून तक निकल आया था. इसके बाद पूजा ने रणवीर के खिलाफ केस दर्ज करवा दिया था.
बताया जाता है कि इन घटनाओं के बाद पूजा भट्ट को शराब पीने की लत लग चुकी थी. वो सालों तक शराब की लत से जूझती रहीं. अब पूजा ने पिछले कई सालों से शराब को हाथ नहीं लगाया. बता दें कि पूजा भट्ट महेश भट्ट की पहली पत्नी किरण की बेटी हैं. किरण से महेश भट्ट ने तलाक ले लिया था. इसके बाद महेश भट्ट ने ऐक्ट्रेस सोनी राजदान (Soni Razdan) से शादी कर ली. इस बात से पूजा भट्ट इतनी नाराज रहती थीं कि वे महेश भट्ट और सोनी राजदान से नफरत करने लगी थीं. हालांकि, अब समय के साथ उनके महेश और सोनी दोनों से अच्छे रिश्ते हैं.
