रूपा गांगुली ने वर्ष 1992 में उन्होंने ध्रुबो मुखर्जी से शादी की थी।शादी के बाद कुछ समय तक को सब ठीक चला। उनके एक बेटा भी हुआ। संतान होने के कुछ समय बाद पति के साथ उनके मतभेद होने लगे। शादी के 14 साल के बाद दोनों अलग हो गए और वर्ष 2009 में उन्होंने तलाक ले लिया।
रूपा गांगुली ने रियलिटी शो ‘सच का सामना’ में अपनी निजी जिंदगी के बारे में खुलासे किए थे। शो में उन्होंने बताया था कि शादी के बाद उन्होंने एक्टिंग छोड़ दी थी। बाद में रोजमर्रा के खर्चों के लिए पति उन्हें पैसे नहीं देते थे। इस दौरान झगड़ों से परेशान होकर उन्होंने तीन बार सुसाइड करने की कोशिश भी की। एक्ट्रेस ने बताया था कि उन्होंने बहुत सारी नींद की गोलियां खा ली थीं लेकिन वो बच गईं। पति से अलग होने के बाद वे अपने से 13 साल छोटे सिंगर दिब्येंदु के साथ मुंबई के फ्लैट में रहती थीं। बाद में दोनों अलग हो गए।