उन्होंने अपने करियर की शुरुआत वर्ष 2012 मे तमिल फिल्म मुगमोदो से की थी। इस फिल्म में उनके अभिनेता जीवाथे।
पूजा हेगड़े ने वर्ष 2016 में प्रदर्शित मोहनजोदाड़ो से बॉलीवुड में अपने सिने करियर की शुरूआत की। आशुतोष गोवारिकर की इस मूवी में पूजा ने ऋतिक रोशन के साथ काम किया।
ये मूवी बॉक्स ऑफिस पर फ्लॉप हो गई थी। पूजा ने अपने सिने करियर में तमिल, तेलगु और हिंदी फिल्मों में काम किया है। पूजा हेगड़े को तेलुगु सिनेमा के सबसे लोकप्रिय अभिनेत्रियों में से एक माना जाता है।
पूजा हेगड़े की आने वाली फिल्मों में देवा, सूर्या 44 और थलपति 69 प्रमुख है।