टेरर फंडिंग का है आरोप छोटा शकील पर हथियारों की तस्करी, नार्को-टेरर, मनी लॉन्ड्रिंग, फेक करेंसी की छपाई और उसको बाजार में चलाना, तथा अन्य अपराधों के अलावा अवैध रूप से अर्जित धन से संपत्ति अर्जित करने का आरोप लगाया गया था। दोनों पर अलकायदा, लश्कर-ए-तैयबा (एलईटी), जैश-ए-मोहम्मद (जेईएम) और अन्य ग्लोबल संगठनों के साथ आतंकवादी संबंध रखने का भी आरोप लगाया गया था।