नाना ने भले ही बड़े पर्दे पर ज्यादा लीड रोल नहीं निभाए लेकिन सपोर्टिंग रोल से भी एक्टर ने दर्शकों के बीच एक खास पहचान बना ली। नाना की पर्सनल लाइफ में काफी उथल-पुथल रही । शादीशुदा होने के बावजूद नाना पाटेकर को 90 के दशक की एक खूबसूरत एक्ट्रेस आयशा जुल्का से प्यार हो गया था। इस दौरान नाना के साथ जब रिलेशन में आईं तो खूब चर्चे हुए।
2003 में आयशा जुल्का ( ayesha jhulka ) ने नाना पाटेकर के साथ फिल्म ‘आंच’ की। इस फिल्म में दोनों ने खूब बोल्ड सीन दिए। फिल्म में आयशा और नाना के बीच इंटीमेट सीन फिल्माए गए जिसके बाद दोनों एक दूसरे के बेहद करीब आ गए और लिव इन में रहने लगे। उस वक्त मनीषा कोइराला ( manisha koerala ) और नाना पाटेकर के बीच भी नजदीकियों की खबरें थीं। आयशा और नाना के अफेयर की खबरें अखबारों में भी छपने लगीं। वहीं मनीषा भी नाना पर जान छिड़कती थीं। वो उनके लिए काफी पजेसिव थीं। मनीषा को नाना का अपने को-स्टार से ज्यादा मिलना जुलना पसंद नहीं था। एक दिन मनीषा ने आयशा जुल्का को नाना के कमरे में साथ-साथ देख लिया। इस पर मनीषा भड़क उठीं और चिल्लाने लगीं। मार-पीट की भी नौबत आ गई थी। तब नाना ने मनीषा को समझाकर शांत किया ।
इस घटना के बाद मनीषा नाना पर पत्नी से तलाक लेकर शादी का दबाव बनाने लगीं। लेकिन नाना किसी भी कीमत पर अपनी पत्नी को तलाक नहीं देना चाहते थे। नाना के इस व्यवहार से मनीषा का दिल टूट गया। इसके बाद उन्होंने नाना से अपने सारे रिश्ते खत्म कर दिए।